COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 14.226573 14.226573 15.596204
2021-01-29 17:00:00 16.722515 16.722515 15.666156
2021-01-28 17:00:00 14.854013 14.854013 15.636930
2021-01-27 17:00:00 17.223449 17.223449 15.598462
2021-01-26 17:00:00 14.387580 14.387580 15.546594
2021-01-25 17:00:00 16.812960 16.812960 15.631724
2021-01-24 17:00:00 15.241753 15.241753 15.765202

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 12.195122 12.195122 7.541461
2021-01-29 17:00:00 16.333333 16.333333 7.086881
2021-01-28 17:00:00 9.763206 9.763206 6.461113
2021-01-27 17:00:00 13.005671 13.005671 6.012397
2021-01-26 17:00:00 3.870639 3.870639 5.730682
2021-01-25 17:00:00 1.579670 1.579670 5.489351
2021-01-24 17:00:00 4.072171 4.072171 5.467765

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 17.994859 17.994859 18.069201
2021-01-29 17:00:00 8.211679 13.392857 18.043183
2021-01-28 17:00:00 13.548387 13.548387 18.321622
2021-01-27 17:00:00 21.764706 21.764706 18.268421
2021-01-26 17:00:00 17.956656 17.956656 18.326485
2021-01-25 17:00:00 29.831933 29.831933 18.355203
2021-01-24 17:00:00 17.777778 17.777778 18.368263

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 7.442937 7.442937 10.009338
2021-01-29 17:00:00 12.383749 12.383749 10.266592
2021-01-28 17:00:00 10.697839 10.697839 10.369157
2021-01-27 17:00:00 9.283445 9.283445 10.559315
2021-01-26 17:00:00 12.782369 12.782369 10.587641
2021-01-25 17:00:00 24.909747 8.793543 10.829407
2021-01-24 17:00:00 11.587040 11.587040 11.180143

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 13.702478 13.702478 13.490626
2021-01-29 17:00:00 19.174282 19.174282 13.748535
2021-01-28 17:00:00 10.939843 10.939843 13.453528
2021-01-27 17:00:00 11.926698 11.926698 13.201143
2021-01-26 17:00:00 22.086445 22.086445 13.290572
2021-01-25 17:00:00 20.822977 20.822977 13.467846
2021-01-24 17:00:00 9.525082 9.525082 13.194629

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 28.777924 28.777924 29.482728
2021-01-29 17:00:00 30.555556 30.555556 29.659050
2021-01-28 17:00:00 17.187500 30.086812 29.624852
2021-01-27 17:00:00 23.868632 32.712697 29.319781
2021-01-26 17:00:00 32.021928 23.617553 29.163629
2021-01-25 17:00:00 37.403599 37.403599 28.918696
2021-01-24 17:00:00 22.874456 22.874456 28.905434

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 17.697228 17.697228 20.253851
2021-01-29 17:00:00 19.985648 19.985648 19.173990
2021-01-28 17:00:00 24.053953 24.053953 19.095651
2021-01-27 17:00:00 17.288336 17.288336 19.040251
2021-01-26 17:00:00 14.998219 14.998219 18.407298
2021-01-25 17:00:00 19.977925 55.739514 18.145439
2021-01-24 17:00:00 21.112040 21.112040 17.903325

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 5.807011 5.807011 6.806867
2021-01-29 17:00:00 6.823128 6.823128 6.824830
2021-01-28 17:00:00 6.475927 7.720049 6.893864
2021-01-27 17:00:00 8.497396 8.497396 6.959511
2021-01-26 17:00:00 6.182684 6.182684 7.002533
2021-01-25 17:00:00 8.088848 5.359333 7.243893
2021-01-24 17:00:00 8.335307 6.488878 7.481357

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 9.518477 9.518477 10.507604
2021-01-29 17:00:00 11.699550 11.699550 10.622368
2021-01-28 17:00:00 12.674617 9.608177 10.614081
2021-01-27 17:00:00 10.000000 10.000000 10.689427
2021-01-26 17:00:00 9.045394 9.045394 10.558762
2021-01-25 17:00:00 14.682184 10.115715 10.801950
2021-01-24 17:00:00 15.404837 15.404837 10.955370

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 19.848321 19.848321 21.239179
2021-01-29 17:00:00 21.719250 21.719250 21.304170
2021-01-28 17:00:00 23.845731 23.845731 21.417043
2021-01-27 17:00:00 23.734603 23.734603 21.404552
2021-01-26 17:00:00 28.107861 14.120078 21.393637
2021-01-25 17:00:00 23.604263 23.604263 21.447147
2021-01-24 17:00:00 21.056662 21.056662 21.503587

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 13.221496 13.221496 13.747353
2021-01-29 17:00:00 11.845466 11.845466 13.441826
2021-01-28 17:00:00 15.148305 15.148305 13.218805
2021-01-27 17:00:00 14.116934 14.116934 12.797185
2021-01-26 17:00:00 11.456693 11.456693 12.685368
2021-01-25 17:00:00 10.741139 22.395274 12.450959
2021-01-24 17:00:00 17.106549 17.106549 12.190970

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 10.600255 10.600255 9.026048
2021-01-29 17:00:00 10.690122 10.690122 8.987549
2021-01-28 17:00:00 10.627401 10.627401 8.850403
2021-01-27 17:00:00 7.563025 7.563025 8.650973
2021-01-26 17:00:00 3.398058 1.952580 8.484475
2021-01-25 17:00:00 8.048290 8.048290 8.437240
2021-01-24 17:00:00 10.334347 15.644172 8.476778

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 85.906040 74.563758 85.784801
2021-01-29 17:00:00 94.551282 94.551282 86.487439
2021-01-28 17:00:00 78.382148 78.382148 85.515831
2021-01-27 17:00:00 70.801034 70.801034 84.710403
2021-01-26 17:00:00 157.464789 157.464789 85.548445
2021-01-25 17:00:00 56.980057 156.125356 84.096567
2021-01-24 17:00:00 52.484076 52.484076 81.074333

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 83.032491 83.032491 NaN
2021-01-29 17:00:00 131.196581 82.478632 NaN
2021-01-28 17:00:00 67.868852 67.868852 NaN
2021-01-27 17:00:00 86.738351 86.738351 NaN
2021-01-26 17:00:00 39.949109 39.949109 59.940020
2021-01-25 17:00:00 29.090909 58.496732 58.262056
2021-01-24 17:00:00 42.810458 42.810458 56.867521

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 13.528098 13.528098 15.820097
2021-01-29 17:00:00 18.898899 18.898899 16.121869
2021-01-28 17:00:00 15.974729 15.974729 16.170536
2021-01-27 17:00:00 15.435232 15.435232 16.228996
2021-01-26 17:00:00 12.671889 12.671889 16.090520
2021-01-25 17:00:00 20.442930 20.442930 16.150937
2021-01-24 17:00:00 16.747835 16.747835 16.289518

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 21.332354 21.332354 26.892752
2021-01-29 17:00:00 21.548075 28.213249 26.965509
2021-01-28 17:00:00 30.588546 30.588546 27.416540
2021-01-27 17:00:00 29.653680 29.653680 27.565477
2021-01-26 17:00:00 19.046708 25.279472 27.423262
2021-01-25 17:00:00 19.049881 26.867247 27.468620
2021-01-24 17:00:00 68.781543 25.328554 27.373762

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 8.737123 8.737123 8.723184
2021-01-29 17:00:00 9.191702 9.191702 8.622183
2021-01-28 17:00:00 8.722856 8.722856 8.389541
2021-01-27 17:00:00 8.091554 8.091554 8.224788
2021-01-26 17:00:00 5.086620 7.887947 8.010551
2021-01-25 17:00:00 11.694915 11.694915 8.062307
2021-01-24 17:00:00 7.836991 7.836991 7.935098

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 15.528634 15.528634 16.094020
2021-01-29 17:00:00 16.520826 16.520826 16.524242
2021-01-28 17:00:00 15.159372 15.159372 16.886828
2021-01-27 17:00:00 15.301890 15.301890 17.431746
2021-01-26 17:00:00 16.253351 16.253351 18.145420
2021-01-25 17:00:00 16.993088 16.993088 18.652718
2021-01-24 17:00:00 20.212520 15.139718 19.350236

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 8.621676 8.621676 8.393064
2021-01-29 17:00:00 8.087134 8.087134 8.366900
2021-01-28 17:00:00 8.790586 8.790586 8.409431
2021-01-27 17:00:00 7.273254 7.273254 8.419719
2021-01-26 17:00:00 6.432422 6.432422 8.348427
2021-01-25 17:00:00 13.422392 13.422392 8.433636
2021-01-24 17:00:00 9.070529 9.070529 8.445952

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 15.713301 15.713301 23.616462
2021-01-29 17:00:00 23.775727 23.775727 23.875577
2021-01-28 17:00:00 29.496403 29.496403 23.881685
2021-01-27 17:00:00 23.029967 32.625786 23.854393
2021-01-26 17:00:00 18.771331 18.771331 23.645020
2021-01-25 17:00:00 38.150289 22.142286 23.004609
2021-01-24 17:00:00 21.147260 21.147260 22.532016

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 1.351351 1.351351 10.212876
2021-01-29 17:00:00 14.545455 14.545455 11.226211
2021-01-28 17:00:00 8.247423 8.247423 12.258889
2021-01-27 17:00:00 18.888889 18.888889 12.832007
2021-01-26 17:00:00 1.941748 1.941748 13.594558
2021-01-25 17:00:00 11.267606 11.267606 14.206513
2021-01-24 17:00:00 23.287671 23.287671 15.282922

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-30 17:00:00 25.941697 25.941697 29.034829
2021-01-29 17:00:00 37.826421 37.826421 29.716563
2021-01-28 17:00:00 20.837887 20.837887 29.997536
2021-01-27 17:00:00 57.071070 33.594816 30.681582
2021-01-26 17:00:00 27.028986 27.028986 31.024312
2021-01-25 17:00:00 37.694484 18.178718 31.991083
2021-01-24 17:00:00 39.899833 39.899833 33.340834

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 12.195122 12.195122 7.541461
Basilicata 17.994859 17.994859 18.069201
Calabria 7.442937 7.442937 10.009338
Campania 13.702478 13.702478 13.490626
Emilia-Romagna 28.777924 28.777924 29.482728
Friuli Venezia Giulia 17.697228 17.697228 20.253851
Lazio 5.807011 5.807011 6.806867
Liguria 9.518477 9.518477 10.507604
Lombardia 19.848321 19.848321 21.239179
Marche 13.221496 13.221496 13.747353
Molise 10.600255 10.600255 9.026048
P.A. Bolzano 85.906040 74.563758 85.784801
P.A. Trento 83.032491 83.032491 NaN
Piemonte 13.528098 13.528098 15.820097
Puglia 21.332354 21.332354 26.892752
Sardegna 8.737123 8.737123 8.723184
Sicilia 15.528634 15.528634 16.094020
Toscana 8.621676 8.621676 8.393064
Umbria 15.713301 15.713301 23.616462
Valle d'Aosta 1.351351 1.351351 10.212876
Veneto 25.941697 25.941697 29.034829

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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